某天，圣安娜高中来了个转校生，名叫“麻宫纱纪”，一个与人落落寡合、以溜溜球为伴的神秘少女。她的真正身份是特命刑事，以转校生的身份作掩饰、被派来调查这所学校的走后门入学事件以及奖学金学生神秘死亡事件。
圣安娜高中收黑钱让成绩差的富家子弟走后门入学，又以奖学金招收家庭贫困的优秀学生，并强迫奖学金学生给富家子弟做枪手参加升学考试。被杀害的奖学金学生中林道子得到了走后门入学学生名单而被杀害。
前来传达指令的神恭一郎将重合金溜溜球交给纱纪。纱纪直捣校长室与理事长对峙。扔溜溜球大肆破坏、不、是伸张正义^^，并找到了中林道子藏起来的名单。名单通过广播在全校公布，理事长被捕、作威作福的理事长女儿玲子也受到惩罚。
纱纪功成身退，并对神恭一郎说任务到此为止、不会再帮助警方。然而，身为飞女的纱纪为什么会成为特命刑事？她的上司暗闇指令是何方神圣？还有她的母亲发生了什么事？留下这些疑团，纱纪转学另一所学校。