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世界所呈现给我们的往往是一片和平的景象，然而现实却与我们眼前所见的、脑中所想的背道而驰。Nexus第一话首先以Space
Beast的出现为序幕，突破了传统概念，防卫队的存在，以及消灭怪兽的过程都在避开平民的情况下进行着。
某个夜晚，以液体状态行动的异生兽隐藏在一辆正在加油的大型蓬货车的内部。再被发现后，袭击了加油站的工作人员，而正准备袭击司机的时候，不知道从何处传来的连续三下枪声，并且命中了怪物。莫名的司机只见怪物仓促而逃。异生兽逃进了隧道，这时在天空中的两架隐形飞机渐渐现形，随之下来的是几名穿着类似于反恐部队的TLT直属机构--“Night
Raider（夜袭队）”。他们进入隧道并对异生兽进行消灭！而在任务完成后，NR副队长西条在隧道空看见译名穿着黑色笳克的男子，刚想看清楚时，便失去了踪影。他又是谁呢？
主角孤门一辉现作为一名救难人员，试图拯救两名被困在山上的年轻人。但在救助过程中，童年时期的落水事件又在脑中浮现，失去理智的孤门表现得极度紧张。原来从前那场意外导致了孤门患有恐惧症，使得他无法正常从事现在的工作。孤门还有一名喜欢画动物的就读于艺术系的女友，而她在今后的故事发展中，也是孤门在工作上前进的动力。
救助失败的孤门，原本以为辞职的他却被意外吩咐到另一份工作，并且一位神秘的老人松永要一郎给了孤门一张工作通知单，并让他约好在约定的地方等待。到了时间，孤门来到了一块鸟无人烟的地方。并且被一辆黑色汽车强行带走，对孤门身体做了奇怪的全身性检查。
气愤之余的孤门正猜测自己有份怎样的工作时，再次遇见了那位神秘老人，同时被告知要去一个政府机构工作，并且给了孤门一个特殊的GPS定位系统。要在约定时间内到达GPS仪器上路线的指定地点。与此同时，正在山坡公路上行驶的巴士受到异生兽的袭击，全部遇难。恰好GPS定位仪上带领孤门去的地方正是巴士事故发生地点。
孤门上了巴士车后，发现车上已经空无一人，随之滚到孤门的脚边的一个罐子引起了他的好奇，当他检起罐子时，一种神秘的黏液迅速流出，孤门情急之下匆匆扔了罐子。车外的奇怪叫声，让孤门看到了一辈子从未见过的奇怪生物。他奋力逃跑但最终被怪物的伸出来的触手拖住，有着强烈求生欲望的孤门隐约听到“不要放弃”在脑海中浮现……他又抓住路边的栏杆，但怪物也越逼越近……
此时在林中的神秘男子，拔出手中的奇怪发光仪器，向前一辉，仪器的尖端发出了无比耀眼的光芒！而正徘徊在生死边缘的孤门，在这千钧一发之际，在他眼前落下一束光，接着是穿来巨大的轰鸣声……孤门回过头，看到了一个银色而又巨大的东西取代了原来怪物所在的地方，地表已被打出一个巨洞！顺眼望去，一个银色巨人出现在孤门的面前，神秘巨人看着孤门，接着便随风消逝了……此时的孤门已经分不出什么是“现实”什么是“梦”……此时NR的队员接到命令也已经赶到现场，面对眼前的一切谁也无法解释到底发生了什么事……
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